محلول ۲٪ کلرهگزیدین مروابن یک مایع ضدعفونی‌کننده قوی با غلظت بالاست که در دندانپزشکی، به‌ویژه در درمان ریشه (اندودنتیکس) به عنوان یک عامل شستشوی ثانویه به کار می‌رود. برخلاف هیپوکلریت سدیم که حلال بافت‌های آلی است، کلرهگزیدین به دلیل ویژگی ماندگاری (Substantivity) بالا، پس از استفاده به دیواره‌های عاجی می‌چسبد و اثر ضدباکتریایی طولانی‌مدتی (تا چند روز) را در داخل کانال ریشه حفظ می‌کند. این ویژگی آن را برای مقابله با باکتری‌های سرسخت (مانند انتروکوک فوکالیس) و همچنین در درمان‌های مجدد ریشه بسیار مؤثر می‌سازد. علاوه بر اندو، از این محلول در پریودنتیکس برای ضدعفونی کردن پاکت‌های لثه‌ای و قبل از سمان‌گذاری برای کاهش بار باکتریایی استفاده می‌شود.